Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (Leesu)

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933.
titre
arcMS: transformation of multi-dimensional high-resolution mass spectrometry data to columnar format for compact storage and fast access
auteur
Julien Le Roux, Julien Sade
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, 2024, 4 (1), ⟨10.1093/bioadv/vbae160⟩
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Litter in French urban areas—part 1: composition, sources, and spatio-temporal variations on urban surfaces
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Lauriane Ledieu, Romain Tramoy, David Mabilais, Sophie Ricordel, Zoé Bridant, Eric Bouchet, Clémence Bruttin, Bruno Tassin, Johnny Gasperi
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, 2024, ⟨10.1007/s11356-024-35203-8⟩
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Unraveling Lake Geneva's hypoxia crisis in the Anthropocene
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Laura M V Soares, Olivia Desgué‐itier, Cécilia Barouillet, Céline Casenave, Isabelle Domaizon, Victor Frossard, Nelson G Hairston, Andrea Lami, Bruno J Lemaire, Georges‐marie Saulnier, Frédéric Soulignac, Brigitte Vinçon‐leite, Jean‐philippe Jenny
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, 2024, ⟨10.1002/lol2.10435⟩
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Quantification Approaches in Non-Target LC/ESI/HRMS Analysis: An Interlaboratory Comparison
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Louise Malm, Jaanus Liigand, Reza Aalizadeh, Nikiforos Alygizakis, Kelsey Ng, Emil Egede Fro̷kjær, Mulatu Yohannes Nanusha, Martin Hansen, Merle Plassmann, Stefan Bieber, Thomas Letzel, Lydia Balest, Pier Paolo Abis, Michele Mazzetti, Barbara Kasprzyk-Hordern, Nicola Ceolotto, Sangeeta Kumari, Stephan Hann, Sven Kochmann, Teresa Steininger-Mairinger, Coralie Soulier, Giuseppe Mascolo, Sapia Murgolo, Manuel Garcia-Vara, Miren López de Alda, Juliane Hollender, Katarzyna Arturi, Gianluca Coppola, Massimo Peruzzo, Hanna Joerss, Carla van der Neut-Marchand, Eelco N Pieke, Pablo Gago-Ferrero, Ruben Gil-Solsona, Viktória Licul-Kucera, Claudio Roscioli, Sara Valsecchi, Austeja Luckute, Jan H Christensen, Selina Tisler, Dennis Vughs, Nienke Meekel, Begoña Talavera Andújar, Dagny Aurich, Emma L Schymanski, Gianfranco Frigerio, André Macherius, Uwe Kunkel, Tobias Bader, Pawel Rostkowski, Hans Gundersen, Belinda Valdecanas, W Clay Davis, Bastian Schulze, Sarit Kaserzon, Martijn Pijnappels, Mar Esperanza, Aurélie Fildier, Emmanuelle Vulliet, Laure Wiest, Adrian Covaci, Alicia Macan Schönleben, Lidia Belova, Alberto Celma, Lubertus Bijlsma, Emilie Caupos, Emmanuelle Mebold, Julien Le Roux, Eugenie Troia, Eva de Rijke, Rick Helmus, Gaëla Leroy, Niels Haelewyck, David Chrastina, Milan Verwoert, Nikolaos S Thomaidis, Anneli Kruve
article
, 2024, 96, pp.16215 - 16226. ⟨10.1021/acs.analchem.4c02902⟩
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Microplastic assessment in remote and high mountain lakes of Gilgit Baltistan, Pakistan
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Maryem Mehboob, Rachid Dris, Bruno Tassin, Johnny Gasperi, Muhammad Usman Khan, Riffat Malik
article
, 2024, 365, pp.143283. ⟨10.1016/j.chemosphere.2024.143283⟩

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Offre de stage de M2 au Leesu en 2023 : Estimation par spectrométrie de masse haute résolution de la toxicité de micropolluants

par Julien Le Roux - publié le , mis à jour le

Contexte scientifique du stage

De nombreux micropolluants émergents sont présents dans les eaux de surface soumises à des pressions anthropiques mais leur comportement et leurs transformations sont peu connus. Le développement de la spectrométrie de masse haute résolution (HRMS) permet d’analyser de manière non-ciblée les échantillons et d’identifier des produits inconnus ou des produits de transformation de molécules connues. Néanmoins, il est nécessaire de réaliser des analyses écotoxicologiques afin de quantifier la toxicité d’un échantillon et les impacts de ces micropolluants sur l’environnement. Faire évoluer le suivi des masses d’eau par la mesure des effets (bioessais) est un objectif central du réseau d’observation MeSeine (SIAAP). Depuis 2017, une action de recherche dédiée a été lancée afin de disposer d’un référentiel de bioessais adapté aux rivières soumises à forte pression anthropiques. Cependant, ces analyses sont chronophages et onéreuses. Le développement d’un modèle de prédiction de la contamination des eaux de surface croisant les données HRMS et d’écotoxicologie pourrait outrepasser ces inconvénients. De plus, Le couplage des approches analytiques non-ciblées avec les approches d’écotoxicologie pourrait permettre d’envisager l’identification de molécules responsables de types d’effets observés. Ce type d’analyses croisées requiert de manipuler des
volumes de données importants et d’utiliser des méthodes statistiques avancées.

Objectifs du stage

Dans le cadre du programme MeSeine InnEAUvation, les objectifs du stage sont les suivants :

  • Préparer des échantillons (filtration, extraction sur phase solide concentration, fractionnement) et les analyser
  • Analyser et identifier des molécules toxiques par HRMS (analyse ciblée et non ciblée)
  • Corréler le nombre de molécules (ou groupements chimiques) identifiées par HRMS avec leur toxicité théorique
  • Rechercher des patterns spécifiques de groupements chimiques à l’origine de la toxicité
  • Associer à l’aide de méthodes statistiques ces patterns dans des échantillons environnementaux avec la toxicité mesurée à partir de l’échantillon
  • Manipuler et traiter de données : traitements statistiques, utilisation de logiciels de traitement de données (ex. R)

Profil recherché

Formation de niveau M2 ou ingénieur en chimie analytique ou chimie de l’environnement :

  • Compétences en chimie analytique (méthodes d’extraction, de fractionnement, de séparation et de détection)
  • Chimie de l’environnement (polluants, qualité des eaux et notions de traitement des eaux et d’écotoxicologie)
  • Connaissances en statistiques et analyse de données, aisance avec les logiciels informatiques et langages de programmation
  • Aisance dans la rédaction de rapport et bon niveau d’anglais souhaitable

Conditions du stage et de dépôt de candidature

Durée : 6 mois équivalent temps plein

Démarrage du stage : Février 2023

Lieu : Le Laboratoire Eau, Environnement et Systèmes Urbains (Leesu), à l’UPEC (Créteil, 94) et Le Syndicat Interdépartemental pour l’Assainissement de l’Agglomération Parisienne (SIAAP) à Colombes.

Rémunération : Gratification de stage env. 600 €/mois (Équivalent Temps Plein)

Contacts :
Julien Le Roux
Julien Sade

Candidature  : Vous pouvez postuler jusqu’au 15 décembre 2022 en envoyant votre CV et votre lettre de motivation.

Offre de stage complète : fichier PDF