Contexte scientifique du stage

De nombreux micropolluants émergents sont présents dans les eaux de surface soumises à des pressions anthropiques mais leur comportement et leurs transformations sont peu connus. Le développement de la spectrométrie de masse haute résolution (HRMS) permet d’analyser de manière non-ciblée les échantillons et d’identifier des produits inconnus ou des produits de transformation de molécules connues. Néanmoins, il est nécessaire de réaliser des analyses écotoxicologiques afin de quantifier la toxicité d’un échantillon et les impacts de ces micropolluants sur l’environnement. Faire évoluer le suivi des masses d’eau par la mesure des effets (bioessais) est un objectif central du réseau d’observation MeSeine (SIAAP). Depuis 2017, une action de recherche dédiée a été lancée afin de disposer d’un référentiel de bioessais adapté aux rivières soumises à forte pression anthropiques. Cependant, ces analyses sont chronophages et onéreuses. Le développement d’un modèle de prédiction de la contamination des eaux de surface croisant les données HRMS et d’écotoxicologie pourrait outrepasser ces inconvénients. De plus, Le couplage des approches analytiques non-ciblées avec les approches d’écotoxicologie pourrait permettre d’envisager l’identification de molécules responsables de types d’effets observés. Ce type d’analyses croisées requiert de manipuler des
volumes de données importants et d’utiliser des méthodes statistiques avancées. Les outils logiciels actuellement utilisés (propriétaires ou libres) sont également limités pour traiter les données acquises en HRMS, notamment lorsqu’elles contiennent le paramètre de mobilité ionique. Des développements d’applications dédiées sont donc en cours et à poursuivre.

Objectifs du stage

Dans le cadre du programme MeSeine InnEAUvation, les objectifs du stage consistent principalement en des aspects d’analyse de données, par l’intermédiaire du développement d’applications et la création de modèles de prédiction de la toxicité des eaux de surface.

Les objectifs de ce stage sont les suivants :

• Poursuivre le développement d’une application (R/Shiny) pour le traitement de données
• Développer des modèles statistiques permettant de mettre en relation les données HRMS et les résultats des analyses écotoxicologiques
• Créer un modèle de prédiction de la contamination des eaux de surface

Profil recherché

Formation de niveau M2 ou ingénieur en informatique/bio-informatique :

• Compétences en statistiques (analyse non-supervisée et supervisée), traitement et interprétation de données
• Compétences en programmation, utilisation de langages de programmation pour l’analyse de données (R, python, javascript…).
• Aisance dans la rédaction de rapport et bon niveau d’anglais souhaitable

Conditions du stage et de dépôt de candidature

Durée : 6 mois équivalent temps plein

Démarrage du stage : Février 2023

Lieu : Le Laboratoire Eau, Environnement et Systèmes Urbains (Leesu), à l’UPEC (Créteil, 94) et Le Syndicat Interdépartemental pour l’Assainissement de l’Agglomération Parisienne (SIAAP) à Colombes.

Rémunération : Gratification de stage env. 600 €/mois (Équivalent Temps Plein)

Contacts :
• Julien Le Roux
• Julien Sade

Candidature  : Vous pouvez postuler jusqu’au 15 décembre 2022 en envoyant votre CV et votre lettre de motivation.

Offre de stage complète : fichier PDF